2000年3月29日に発売された。作詞はAZUKI七、作曲は中村由利、編曲は古井弘人。 シングル『君の家に着くまでずっと走ってゆく』との同時発売でのメジャーデビューということで各方面から話題を集めた。「君の家に着くまでずっと走ってゆく」や、3rdシングルとなった「二人のロケット」は、インディーズアルバムにも収録されていた（「君の家に着くまでずっと走ってゆく」はアレンジが異なる）が、「Mysterious Eyes」は完全オリジナルの楽曲である。 メジャーデビュー前から、アニメ『名探偵コナン』にタイアップがつくなど話題になり、オリコンチャート内に10週以上もチャートインするロングヒットとなった。また当時は、コナン役の高山みなみが歌っているのではないかと言われた程声質が似ていた歌い方だった。シングルの売上では、10枚目のシングル『夢みたあとで』に次いで2位となっている。なお、『名探偵コナン』のタイアップに起用されている6曲中、オープニングテーマに起用された曲は、この「Mysterious Eyes」と「涙のイエスタデー」の2曲である。 初回プレス盤には、名探偵コナンカードゲームオリジナルカードが封入されている。