《Free!男子游泳部》讲诉小学时期，四位隶属游泳学会的成员于毕业前的大会夺得冠军，留下难忘的回忆后分道扬镳。时移世逆，悠闲度日的高中生少年七濑遥（CV岛崎信长），突然有一天遇到他小学时代的游泳社的伙伴松冈凛（CV宫野真守）。凛一边怀旧的同时向遥提出挑战，结果将遥压倒性击败。以此为契机，遥决定跟目前同校的橘真琴（CV铃木达央）和叶月渚（CV代永翼）重新集结，加上新成员龙崎怜（CV平川大辅），成立岩鸢高中的首个游泳部。充满跃动感的男子高中生，展开了这个关于游泳、青春与羁绊的故事……